Meine grobe Theorie zu den Prinzessinnen und den geflügelten Einhörnern ist folgende:
Ursprünglich gab es nur diese eine Art, und die macht die, die haben weckte auch Neider in anderen Arten. Solche Vorfälle wie mit Nightmare Moon werden wohl öfters vorgekommen sein. Also beschlossen sie auf ihre macht zu verzichten, nur waren sie sich eben nicht einig wie stark dieser Verzicht aussieht.
Und so entstanden die Einhornponys, Pegasusponys und Erdponys, nur wenige entschieden sich ihre alte vorm zu waren, und im verborgenen zu Leben, so auch die Eltern der Prinzessinnen.

Das muss noch vor der Geburt der Prinzessinnen gewesen sein.

Nun unterschätzten die 3 neuen Arten aber ihre stark gesunkene Lebensdauer, und über den entstandenen Streit über den richtigen Grad des Verzichtes, geriet die gemeinsame Herkunft nach wenigen Generationen in Vergessenheit. Mir der Zeit wurde der Streit über den Verzicht zu einem Streit über unterscheide zwischen den 3 Arten. Sie wussten nach einigen Generationen nicht mehr warum sie stritten, nur das es immer so war.

Mittlerweile sind viele Generationen vergangen, und in Anbetracht der Lebensdauer dürften mittlerweile die Prinzessinnen geboren sein.

Hier finden nun die Ereignisse aus Folge 2-11 Hearth's Warming Eve mit den Windigos statt.

Weitere Generationen später wollten die sich von Zwietracht ernährenden Windigos Rache. Irgendwie gelang es einigen sich durch ein Ritual in einem Mächtigeren Wesen zu Manifestieren.
Discord war geboren (Übersetzt: Zwietracht).

Discord quälte jetzt die Ponys, die Ponys waren selbst gemeinsam zu schwach für Discord.
Dies beobachteten zwei junge Stuten, Einhörner mit Flügeln. Sie wussten von dem Gesetz ihrer Art im verborgenen zu bleiben, dennoch konnten sie sich das nicht länger mit ansehen. Sie wussten aus eigener Kraft können sie Discord nichts anhaben, also nahmen sie sechs Magische Steine an sich.
Es gelang den jungen Stuten die Schwestern waren, Discord zu besiegen.
Aus dank und aus Faszination vor diesen Wesen, boten die 3 Arten die Herrschaft an, sie wussten nichts mehr von ihrer Abstammung, die Schwestern lehnten verlegen ab. Sie wollten jetzt erschöpft nur noch heim zu ihren Eltern.
Doch sie wurden für den Gesetzesverstoß verbannt, ihre Eltern waren nicht dabei, und sie sahen sie auch nicht wieder.
Sie kehrten zu den Ponys zurück, und nahmen das Angebot an. Sie begnügten sich mit dem Titel Prinzessin.


Hier noch ergänzend ein früherer Beitrag von mir:

(18.12.2011)Squall Ponyherz schrieb:  Davon ausgehend das Equestria nur das Königreich unserer Prinzessinnen ist und nicht die ganze Welt, glaube ich das sie vor der Sache mit Nightmare Moon vom Schloss im Everfree Forest aus Regiert haben. Und vor 1000 Jahren dürfte Celestia zumindest vom körperlichen nicht älter gewesen sein als Luna in Folge 2.04, was bedeuten würde das Celestias Magie auch noch deutlich schwächer war als heute. Was wiederum bedeuten würde das sie nicht genug kraft hatte alleine Sonne und Mond über ganz Equestria auf und unter gehen zu lassen, weshalb sie zugunsten von bewohnten Gebiet den Wald Verlies, und sich einen zentraleren Punkt suchte von wo sie mit ihrer kraft alle Ortschaften abdecken konnte. Was eben bedeutet das der Everfree Forest dadurch, und wohl auch andere Gebiete wie der Sumpf in Folge 1.15 Verwilderten.
Das ist zumindest meine Theorie.