Chris Colorado spielt in einer düsteren, nicht allzu fernen Zukunft auf der Erde. Nachdem ein Softwareverarbeitungs-Fehler verhindert, dass die Menschheit vor einem auf die Erde stürzenden Meteoriten gewarnt wird, schlägt dieser mitten in einer der Welthauptstädte ein. Trotz eines Abwehrversuches, der zumindest die vollständige Vernichtung in Form einer frontalen Kollision des Meteoriten mit der Erde verhinderte, wurde durch den Aufprall fast die gesamte menschliche Zivilisation ausgelöscht. Nach einer Weile bildeten die Überlebenden eine Weltregierung, die während des Großteils der Serie unter Weltpräsidenten Richard Jullian steht. Regierungssitz ist die Mayastadt Chichen-Itza.
Nach einigen Jahrzehnten des Friedens begann der Diktator Thanatos, ein Mann der sein Gesicht stets unter einer Maske verbirgt, einen Krieg mit Hilfe einer Armee von zu Cyborgs konvertierten Menschen, infolgedessen er die Herrschaft über Europa erlangt. Eine Gruppe von Kämpfern unter der Führung von Richard Julian gelang es jedoch seine Streitmacht zu besiegen, woraufhin er sich in die vom Meteoriten zerstörte Welthauptstadt zurückzog. Dort gelang es ihm mit einer seltsamen Substanz, dem "Schwarzen Fluss", die aus den Überresten des Meteoriten austrat eine neue Armee aus den Überlebenden der Stadt aufzubauen. Die Story beginnt, als Weltoberhaupt Julian den ehemaligen Piloten und Kampfsportler Christopher Krantz, der zuweilen Chris Colorado genannt wird, rekrutiert und ihm verrät, dass er der Sohn von Wilhelm-Erwin Krantz ist. Dieser sollte einst Thanatos Armee infiltrieren, doch er lief offensichtlich zum Feind über und wurde von allen, auch seinem Sohn, als Verräter gebrandmarkt.