Nagisa hat gegen Ende der 1. Staffel doch ein Theater-Showspiel gehabt über eine andere Welt, in der vor allem kein neues Leben mehr entstehen kann! In dieser anderen Welt hat aber dennoch 1 Lebewesen gelebt.
-> Anmerkung: Kotomi's Eltern in Staffel 1 haben doch die Theorie aufgestellt, dass es mehrere Dimensionen/Alternativ-Welten gibt. Die "tote" Welt ist eine davon! Ähnlich wie bei Stargate SG-1, als die SG-1 Teams aus anderen Alternativ-Dimensionen durch das Sternentor kamen.

Dieses 1 Lebewesen war Ushio selbst, die aber in der Welt von Nagisa und Tomoya zum Zeitpunkt des Theaterstücks noch nicht geboren war. Tomoya ist übrigens der Roboter, den die Ushio erschaffen hat.
Diese Lichter-Orbs, die im Lauf der Story aufgetaucht sind (s. Episode mit dem verstorbenem Bruder, in der Episode mit Tomoya's Vater, und in der letzten Episode ja en Mass = Tomoya's und Nagisa's ehemalige Klassenkameradinnen haben alle ihre Traumberufe bekommen und noch viele andere Wünsche anderer Menschen mehr mit unterschiedlichen Wünschen in derselben Stadt, daher Dango-Familie), sind Orbs, die entstehen, wenn einer Person ein wichtiger/großer Wunsch erfüllt wurde, der richtig große happiness bringt. Tomoya hat im Laufe der Story vor Ushio's Tod 2 Orbs gesammelt, sodass am Ende folgendes bei ihm passiert ist:

Als Ushio in der Welt von Tomoya verstorben ist, geht auch die tote Welt zuende, die nur von Ushio selbst am Leben erhalten werden konnte bzw nach ihrer eigenen Aussage "ist" sie diese ihre Welt. Tomoya hatte aber bis dahin so viel happiness mit Hilfe der Lichter-Orbs gesammelt, sodass die Ushio aus der toten Welt ihm einen Wunsch erfüllt (Die gelben Lichter-Orbs sind dieselben wie im Intro, und deren happiness Effekt fühlt man ja schon allein beim Anschauen des Intros  ), allerdings war bei ihr selbst ebenfalls eine Bedingung gegeben: Nach 5 Jahren musste sie in Tomoya's Welt erst mit ihrem Vater vereint sein, als Vater und Tochter, denn ihr Wunsch war es, dass ihr Papa sich (endlich) um sie kümmert, da sie ihn ja bis dahin nie wirklich kennen gelernt hat. Alle Liebe und Fürsorge bekam sie ja nur von Akio und Sanae. Als dies geschah (Episode 18. Dat many feels ), hat sie dadurch für sich selbst ihre größte Freude erfahren, sodass auch sie zu einem Licht-Orb wird, oder besser gesagt zu mehreren Licht-Orbs Sie reist mit ihrem Dad dann 5 Jahre in der Zeit zurück, also zurück zu den Zeitpunkt, als Ushio geboren wurde. Nagisa überlebt jetzt Ushio's Geburt (Tomoya's Wunsch!), und damit schenkt sie ihrem Vater und gleichzeitig auch sich selbst die ultimative happiness, die bei der "1. Geburt" nicht nicht vorhanden war. In der letzten Episode sind dann alle 3 am Leben und eine glückliche Familie = Tomoya's und auch Ushio's Wunsch (Mama kennen lernen) erfüllt ^^
Entsprechend hat Tomoya in der Recap-Episode auch 2 verschiedene Erinnerungen: Von der "Realität", in der Ushio starb, und von der jetzigen, in der Ushio gesund und munter ist.
PS: Ushio starb, weil sie einen schwachen Körper hatte, wie ihre Mutter Nagisa. Ushio hat also die Schwäche ihrer Mutter geerbt und starb im Kindesalter daran. In der "neuen Realität" hat sie die Körperschwäche von ihrer Mutter nicht geerbt.