Wie Ember schon sagte, ist das ein Problem, das auf den Server zurückzuführen ist. Ich denke konkret auf Multiverse. Es kann nicht sein, dass in solch einem kurzen Abstand zwei Portale nebeneinander generiert werden. (Ich denke einige haben die 2 Portale im Nether gesehen, die ineinander standen. Beide waren aktiv, sowas geht normalerweise gar nicht.)
Aber um konkret auf den Problem zurückzukommen: Du hast deine Arena eben zufällig (oder eher unglücklicherweise) auf einem der End-Portale errichtet. Viele User wollen da hin und XP farmen und davon gehen die meisten durchs Nether. Also ist es durch den Bug in Multiverse nicht verwunderlich, dass bei dir einige Portale spawnen. Es hat aber absolout keinen Sinn, die ständig wieder abzureisen. Dann spawnen eben neue. Und die Dinger spawnen ja sogar da, wo sie eigentlich nicht spawnen dürften und zerstören so deine Gebäude.
Also würde ich dir empfehlen, es einfach hinzunehmen, dass ein paar Portale in deiner Anlage stehen. Es gibt allgemein recht wenig Perspektiven, das Enderportal ist nunmal GENAU unter deiner Bude. Konntest du ja nicht wissen, soll kein Vorwurf sein!
Es gäbe noch die Möglichkeit eine Petition einzureichen (ich würde übrigens mitmachen!) und darum zu bitten, dass ein Worldgate (so ein Ding wie nach Trixieland oder Equestria) am Spawn aufgestellt wird, welches ins End führt. Da werden nämlich ganz sicher keine neuen Portale erstellt und jeder hat Zugriff darauf.

Aus genau dem Grund, dass die Portale unten, im eigentlichen Nether, spawnen. Man käme ohne Enderperlen nicht hoch. Außerdem lehne ich mich mal aus dem Fesnter und sage, dass es Multiverse ziemlich egal sein wird, was du vorhast. Wir sehen ja, dass dieses Plugin fehlerfrei und makellos seinen Dienst vollführt, ne? Außerdem hab ich sind anscheinend die Pläne für ein Bahnsystem in der Oberwelt konkretisiert worden. Das wäre zumindest im Spawn-nahen Gebiet eine gute alternative zu diesen Drecks-Portalen. Ich werde freilich weiterhin 1.000 Blöcke durch's Nether fahren, bevor ich 8.000 Blöcke durch die Oberwelt eier.
Noch allgemein für die Tech-Adminschaft und als Thema für die nächste Konferrenz, die du ja halten willst: Versucht's mal mit nem anderen Multiverse-Plugin. XCraftGate würde mir einfallen, das hab ich früher verwendet, da mir Multiverse selber zu aufgeblasen war. Oder irgendein anderes.

Ich bin inzwischen mit der Strecke fast durch den Sumpf.

Jetzt könnte ich unter den Feldern durch und unterhalb der grauen Gebäude (auf dem Bild) mich mit der anderen Strecke treffen.

Die andere Möglichkeit wäre oberhalb (auf dem Bild) des Holzgebäudes bei den Feldern entlang und dann zwischen den grauen Gebäuden und dem runden Gebilde an der Küste durch und von dort aus an die andere Strecke.

Beide Möglichkeiten kann ich sowohl oberirdisch, als auch unterirdisch bauen, je nachdem, wie es dem Bauherren lieber ist.