Halbblut fängt etwas zwei Jahre nach Staffel 3 , also fast am Ende Staffel 3, an. Sombra ist besiegt und Chrysalis ebenfalls, Twilight ist aber noch kein Alicorn.  

Wobei der Prolog vor über Millionen Jahren abspielte, wo es noch keine Ponys gab, sondern nur Drachen   . Die Welt gab es da schon.

In 13 Schicksale bekommen die Einhornzwillinge von "Die Kraft der Zwillingseinhörner von Spikefan94" auch einen Auftritt, willst du das irgendwie Koppeln oder spielt dies keine so große Rolle, da 13 Schicksale eine eigene Fanfiktion ist?

Das mit den Zwillingseinhörnern und 13 Schicksale ist eine interessante Sache, denn in Letzteres kennen die Mane 6 die Zwillinge schon. In Spikefans Story taucht Dawn auch auf und da lernt der Manecast ihn kennen, aber in 13 Schicksale lernen sie ihn am Anfang auch neu kennen. Da wird es ein wenig paradox, aber das ist das spaßige daran.^^
Von dem her ist es nicht wichtig, ob zwei verschiedene FFs zusammenhängen. Aber es wäre interessant, wenn sich zwei Autoren absprechen würden und zwei unterschiedliche Storys schreiben würden, die aufeinander Folgen würden.

Die einfache Antwort: Beide Geschichten spielen in ihren eigenen Dimension und haben von der Handlung her nichts miteinander zu tun. Die Umstände sind in beiden Storys schließlich auch anders. In DKdZ haben Shining Armor und Cadence z.B. ein Baby, während bei mir diesbezüglich noch nicht viel passiert ist.