Die Frage nach der Sexualität der Ponys ist meiner Meinung nach recht schwer zu beantworten, da Sexualität in der Serie nur an wenigen Stellen angedeutet wird - und selbst dann oft nur indirekt. Das meiste ist Interpretationssache und viel Phantasie von Seiten der Fans; die meisten dürften auch entsprechendes Fanart oder Fanfiction mal gesehen haben.
Bei Fluttershy wurde ja hier sogar die Vermutung einer Zoophilie aufgestellt, was meiner Meinung nach deutlich über das Ziel hinausschießt.
Es heißt zwar, dass stille Wasser tief sein sollen, aber ich würde da eine wesentlich einfacherer und harmlosere Begründung heranziehen. Für mich ist Fluttershy ein Pony, das viel Liebe zu geben hat und sich vermutlich auch viel Liebe wünscht. Da sie keinen Partner hat, erfüllen ihre Haustiere diese Funktion. Das heißt natürlich nicht, dass ihre Tiere ausschließlich diesen Sinn erfüllen; sie ist sicher auch so sehr tierlieb.
Bei Applejack ist erkennbar, dass ihre Familie eine besonders große Rolle spielt. Ich vermute daher einfach, dass sie selbst auch mal eine Familie gründen möchte. Ihre Arbeit auf Sweet Apple Acres lässt ihr vermutlich aber wenig Zeit für die Partnersuche.
Twilight erscheint mir einfach viel zu beschäftigt mit ihren Studien zu sein, um je ernsthaft über das Thema Partnersuche nachgedacht zu haben.
Bei Rarity ist es offensichtlicher, dass sie sich zum männlichen Geschlecht hingezogen fühlt. In "Eine Freundin hat's nicht leicht" spricht sie von Prinz Blaublut als "ihre große Liebe" oder zumindest die Chance darauf - auch wenn sich das später als Reinfall herausstellen sollte.
Pinkie erscheint mir wie Twilight viel zu sehr mit anderen Dingen beschäftigt, um sich über die Partnerwahl Gedanken zu machen. Eine Ausnahme bildet vielleicht die Folge "Pony-Nachwuchs". Sie findet die beiden Kleinen ja sehr niedlich, da wäre es zumindest denkbar, dass sie auch mal an eigene Kinder gedacht hat.
Die Spekulationen über Rainbow Dashs Sexualität sind vermutlich die umfassendsten. Auch wenn viele das anders sehen: Ich sehe bei ihr keine eindeutige Anspielung auf ihre Sexualität. Man sollte sich da nicht zu sehr von Vorurteilen und Schubladendenken beeinflussen lassen.
Generell gehe ich bei jedem Charakter erst mal von Heterosexualität aus, da dies einfach am verbreitetsten ist und ich Vorurteilen in Bezug auf Handlungen und Aussehen nicht blind folgen möchte.
Der Charakter Finch aus "American Pie" bringt es in Teil 2 auf den Punkt: "Es ist durchaus möglich, dass Frauen sich anfassen, ohne gleich lesbisch zu sein. Freundinnen können doch Händchen halten." Genau so sollte man auch über die Ponys denken, bevor man sich zu leicht zu Spekulationen in Richtung Bi- oder Homosexualität hinreißen lässt.