Es wurde bereits angesprochen, dass die Mane6 ab Ende der zweiten Folge der vierten Staffel nicht mehr über die Elements of Harmony verfügen, also wäre es tatsächliche naheliegend, dass sich verbesserte Elemente in der Truhe befinden.
Ich habe eine Weile darüber nachgedacht und kam zu weiteren (hoffentlich halbwegs plausiblen) Ideen:
In der Truhe befindet sich etwas, was Twilight extrem viel Macht und große Mengen an Wissen verleihen würde, eine Art Super-Element - aber die damit verbundene Position und Verantwortung, fast schon wie eine Gottheit, die über ganz Equestria wachen soll, würde sie von ihren Freunden trennen. Deswegen lehnt Twilight ab, da ihr ihre Freundschaften wichtiger sind. Dies würde auch mit der generellen Botschaft der Serie ("Friendship is Magic") übereinstimmen.
Eine andere Möglichkeit: Der Everfree Forest ist nur die Spitze eines "versunkenen" Königreichs (oder zumindest eines Palastes). Der Wald sollte verhindern, dass jemals an dieser Stelle eine Stadt oder ähnliches errichtet werden konnte (und über welche Kräfte der Everfree Forest verfügen kann, wissen wir ja jetzt). Wer es schafft, mit Hilfe der Magie der Freundschaft die Truhe zu öffnen, lässt den Everfree Forest verschwinden (vielleicht wächst ja auf magische Weise ein Berg aus dem Boden und zerreißt den Wald in Stücke?) und Twilight bekommt ihren eigenen Palast.
Wie gesagt, alles nur Produkte einer sehr lebhaften Phantasie.