Hm baue mal die folgende Theorie auf (mit allen Informationen die in dem Rest der ersten und der zweiten Staffel dazugekommen sind):
Nachdem sie Twilight nach Ponyville geschickt hat, hat sie alle möglichen Ziele zusammen gesucht (zb Blueblood und Cadence) die Nightmare Moon gegen sie verwenden könnte, hat sich mit diesen zusammen und mit ihrer Royalguard an einem sicheren Ort begeben (vielleicht noch von Shining Armor ne Superschildkuppel aufstellen lassen) und hat dort, nachdem sie dafür gesorgt hat das jeder glaubt das sie bei der Summer Sun Celebration auftaucht, abgewartet bis die ganze Sache vorbei ist.
Selber bei der ganzen Sache hatte sie sich ja nicht mehr einmischen können, da sie ja schon damals ohne die Elemente nicht mehr gegen Nightmare Moon hat währen können und diese kann sie ja (soweit ich das verstanden hab) nicht benutzen können. Selbst wenn sie ohne die Elemente gegen NM angetreten wäre, hätte sie sie ja nicht entfluchen können höchstens umbringen (und wer will schon seine Schwester wirklich umbringen?).
So hat sie nicht selbst gegen ihre Schwester kämpfen müssen, hat dafür gesorgt das die Elemente neue Trägerinnen haben und ihre Schwester wieder so ist wie sie sein sollte.
So stell ich mir das halt vor (außerdem bau ich gern Infos die später erst dazukommen in frühere Folgen ein)