@Lazy Dream: Das war mir bis dahin zwar klar, ich wusste aber nicht, dass ich auch ne Subtitle - Spur ziehen kann
Also vielen Dank für den Hinweis, das habe ich nämlich gerade erfolgreich ausprobiert
Wen es interessiert, hier mein genaues Vorgehen (anhand des Beispiels S02E01):
Mit Aegisub die Startposition der deutschen negimap-Subs mit den (passenden) englischen Subs abgeglichen. Sprich von Startposition 1:59 auf 2:66, indem ich über "Timing" -> "Shift Timings..." = 1:07 Forward, All Rows, Start and End times ausgewählt habe.
Dann gilt es lediglich die Gesamtlänge des Videos in Sekunden umzurechnen. In diesem Beispiel heißt das 22:04 Minuten = 1204 Sekunden. Also trägt man bei in den mkvtoolnix (Anwendung: mmg) nach dem Hinzufügen des Videos sowie der gerade gespeicherten Untertitel unter "format specific options" rechts unten bei "stretch by" den Wert "1204/1202" ein. Das sagt mmg, dass die Gesamtlänge 1204 Sekunden ist, und man den Untertitel-Strom auf 1202 Sekunden ziehen will. Je nach Endtiming der Subs muss man mit dem Endwert etwas herumspielen - ich habe mit "1204/1204" angefangen. Wie Lazy Dream aber schon geschrieben hat, dauert das Testmuxen nur wenige Sekunden, (selbst bei meinem alten System).
Heraus kam ein gemuxtes iTunes-Video mit absolut passgenauen deutschen Untertiteln ohne weitere erforderlichen Anpassungen.
An dieser Stelle also vielen herzlichen Dank an negimap & Co. für die tollen Subs und auch an Lazy Dream für den Hint mit dem einfachen Strecken von Subs